A Indonésia é um país especial produtor de café, tanto arábica como robusta, porque tem muitas ilhas e uma grande diversidade de produtos. As suas culturas produzem café único com corpo pesado e é muito popular entre os consumidores de café especial.
CQI começou o seu trabalho na Indonésia de 2003 a 2006 através do programa GDA Coffee Corps. Houve um grande enfoque no desenvolvimento institucional e numa avaliação da indústria, juntamente com algumas formações sobre copos e melhoria do processamento. Com o tempo, a Specialty Coffee Association of Indonesia (SCAI) tornou-se parceira da CQI In Country e fez um bom trabalho unificando parte da indústria de café indonésia, especialmente na área de marketing, concursos de cupping, e eventos de baristas.
Em 2012, o CQI iniciou um programa de 5 anos com ACDI/VOCA utilizando financiamento da USAID através de um projecto denominado AMARTA. Este teve um início muito bem sucedido. O SCAI ficou completamente estabelecido e muitos provadores conseguiram tornar-se graduadores de Q. Os cursos foram ministrados a nível de campo e de moinho em várias ilhas e um leilão especial foi muito bem sucedido. Foi desenvolvido e iniciado um plano estratégico, mas o financiamento da USAID foi subitamente perdido, pelo que o projecto foi encerrado. Felizmente o SCAI e o CQI e um dos melhores instrutores do CQI, Rocky Rhodes, mantiveram actividades tanto para arábica como para Robusta.
No futuro, a CQI gostaria de se envolver com o governo indonésio ou o Banco Mundial para estabelecer uma estratégia para melhorar o sector do café da Indonésia e também o mercado Robusta.
Existem actualmente 93 graduadores Q Arábica e 7 Q Robusta na Indonésia, bem como 2 instrutores Q de pleno direito, e o seu café é cerca de 20% especialidade.